Parece que fue ayer, pero fue en el siglo pasado cuando un grupo de hermanos procedentes de diferentes lugares de la isla coincidieron en las nuevas urbanizaciones del área de Caparra Terrace y Puerto Nuevo con la inquietud de congregarse para adorar y servir a nuestro Dios. Entre los líderes de aquel grupo se encontraba el Hno. Vicente Quiñones, quien ofreció su hogar en Puerto Nuevo para comenzar las reuniones y establecer una congregación.
El Señor continuó trayendo ovejas a su grey y luego de ocupar un local en Puerto Nuevo la congregación tuvo la oportunidad de establecerse en una casita al lado de la Long (oficina de venta de la empresa desarrolladora de las urbanizaciones del área). Era un lugar muy adecuado por lo céntrico y accesible pues estaba ubicado entre dos vías principales: la calle Escorial y la Avenida Central.
En aquella sencilla casita que algunos llamaban el "Aposento Alto" comenzaron sus primeros pasos como congregación el 1ro de septiembre de 1954 con la ayuda del seminarista Agustín González, quien fungió como pastor organizador. El grupo inicial ya lo integraban 43 hermanos que tomaron muy en serio el compromiso contraído con nuestro Señor de proclamar el mensaje de Salvación a toda criatura.
Once meses después, el 1ro de agosto de 1955 el Presbiterio de Puerto Rico nombró al seminarista Nicandro González para dirigir la iglesia, siendo el moderador del consistorio el Rvdo. Samuel Corchado. El Rvdo. Nicandro González fue ordenado el 5 de agosto de 1958 y permaneció junto a esta congregación guiándola con entusiasmo en su desarrollo en esta comunidad. Poco a poco la casita se iba haciendo muy pequeña para la cantidad de asistentes a los cultos. Luego se iniciaron proyectos de gran envergadura como la Academia Presbiteriana y muy pronto, guiados por la inspiración divina se hizo realidad el deseo de construir un templo.
En 1959 se colocó la primera piedra y se le puso el nombre de EBEN-EZER, en recordación a la piedra colocada por Samuel en Mizpa y Sen, cuando Jehová libró a su pueblo de los filisteos. El 26 de noviembre de 1967 se dedicó oficialmente nuestro actual templo. Luego de culminar su pastorado, el Rvdo. González, para el año 1969 llegó el Rvdo. Luis Bonilla. Bajo su pastorado y la entrega de los laicos se iniciaron las misiones en Santiago Iglesias, Bo. Camarones en Guaynabo y Levittown que hoy son iglesias organizadas en el Presbiterio de San Juan. Nuestra Iglesia, providencialmente, ha estado pastoreada por seres humanos espectaculares: el Rvdo. Juan Luis Santos, el Rvdo. Salvador V. Gavaldá y el Rvdo. Carlos Ramos (interino). Cada uno de nuestros pasados pastores colaboró en lo que nos permitiría tener bases sólidas en la fe en Cristo que nos permitirían enfrentar los retos de una nueva generación y siglo.
Por ello, continúa afirmando que Dios nos lleva de su mano e inicia una nueva experiencia pastoral de la mano del Rvdo. Adolfo Santana Cordero, quien se unió el 16 de octubre de 2012. Podemos volver a afirmar y decir: "EBENEZER", mirando al futuro con la certeza y confianza de que Dios conducirá nuestros pasos y trabajos.